Caracterización de las proteínas
A continuación se presenta una representación gráfica para ilustrar la diferencia entre los métodos de fraccionamiento y agotamiento para enriquecer tipos específicos de proteínas. El fraccionamiento reduce la complejidad de una muestra de proteínas separando las proteínas en diferentes clases basadas en las propiedades biofísicas de las proteínas (tamaño, carga, localización celular, solubilidad, etc.). El agotamiento reduce la complejidad de la muestra eliminando las proteínas abundantes y aumentando así la representación de las menos abundantes.
Para un análisis bidimensional eficaz, puede ser necesario reducir la complejidad de la muestra de proteínas, especialmente cuando el objetivo es el análisis de proteínas poco abundantes. Esto puede lograrse separando las proteínas en función de varios criterios, como la localización celular o las propiedades fisicoquímicas de las proteínas.
Existen kits para la extracción de proteínas citoplásmicas y nucleares (kit de extracción de proteínas ReadyPrep™ (citoplásmicas/nucleares), proteínas de membrana de diversas complejidades (kit de extracción de proteínas ReadyPrep™ (membrana I) y kit de extracción de proteínas ReadyPrep™ (membrana II)), y proteínas implicadas en el tráfico de membrana intracelular y en las vías de señalización (kit de extracción de proteínas ReadyPrep™ (señal) y kit de extracción de proteínas ReadyPrep™ (solubles/insolubles).
Wikipedia
La proteómica es el análisis del complemento proteico de una especie expresado por su genoma, pero la enorme complejidad del proteoma plantea problemas importantes para un investigador. Se calcula que hay entre 20.000 y 25.000 genes humanos codificadores de proteínas que podrían codificar más de 1.000.000 de proteínas, especialmente si se tienen en cuenta las modificaciones de las proteínas. Entre ellas se encuentran los truncamientos N y C, las formas alternativas empalmadas y el gran número de modificaciones co y postraduccionales, entre otras:
Otro factor importante en la identificación de proteínas reguladoras nuevas o clave es la gran variación en los niveles de expresión de las proteínas. Las proteínas reguladoras clave están estrechamente reguladas y se expresan en pequeñas cantidades, por lo que quedan enmascaradas por proteínas altamente expresadas, como la albúmina.
El fraccionamiento secuencial es ideal para la identificación de proteínas desconocidas, ya que no se requiere un conocimiento específico de la proteína para fraccionarla. No se requieren proteínas cebo específicas ni medios de captura, ya que el procedimiento general utiliza las diferencias de solubilidad de las proteínas. El fraccionamiento de una proteína en función de su solubilidad puede realizarse mediante precipitación iónica, una variación en la concentración de sal o variando el agente de solubilización detergente. El fraccionamiento secuencial ignora la arquitectura celular y la translocación de proteínas, que son factores muy importantes en la identificación de proteínas.
Fraccionamiento celular
El muestreo fue aprobado por el comité nacional de ética para el cuidado y uso de animales que depende de la Autoridad Noruega de Seguridad Alimentaria (Mattilsynet; 2015/6432 y 2016/8709) y el manejo de las aves se ajustó a las normas de la Ley Noruega de Bienestar Animal.
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BMC Vet Res 15, 290 (2019). https://doi.org/10.1186/s12917-019-2022-6Download citationShare this articleAnyone you share the following link with will be able to read this content:Get shareable linkSorry, a shareable link is not currently available for this article.Copy to clipboard
Purificación de proteínas
El fraccionamiento de proteínas se refiere generalmente al proceso de aislamiento, identificación y caracterización de las distintas proteínas presentes en una muestra. Sin embargo, el análisis de los proteomas suele verse obstaculizado por la gran cantidad de proteínas, especialmente porque las proteínas más grandes y abundantes tienden a inhibir la señal de las proteínas de menor abundancia. Por cierto, las proteínas de menor abundancia suelen ser las más interesantes del grupo.
Para abordar este problema, hay que identificar las propiedades que las separan del resto de las proteínas no deseadas y luego utilizar la(s) técnica(s) de fraccionamiento de proteínas adecuada(s) para aislarlas del resto de las proteínas no deseadas. Puede utilizar varias propiedades generales, como el tamaño, la forma, la solubilidad, la estabilidad y la velocidad de sedimentación, la capacidad de unirse a varios grupos iónicos y la afinidad por los sustratos, como base para aislar su proteína de interés de muestras biológicas complejas. Asimismo, puede separar las proteínas en función de su localización celular, lo que le permite extraer proteínas citoplasmáticas, nucleares y de membrana.